¿sirve la cuenta vivienda para pagarse un alquiler?

Aparentemente NO.

Según dejan bien clarito en basefinanciera.com:

CUENTAS VIVIENDA

Se admite la deducción de las cantidades depositadas en una cuenta-vivienda, siempre que las mismas se destinen a la primera compra o rehabilitación de la vivienda habitual [Es vivienda habitual aquella edificación (no serían válidos, por ejemplo, los vehículos o embarcaciones) habitada por el contribuyente en los doce meses siguientes a su adquisición por un plazo continuado de, al menos, tres años salvo que durante estos plazos se haya producido el fallecimiento del contribuyente, o concurran circunstancias que exijan el cambio de vivienda (celebración de matrimonio, separación matrimonial, traslado laboral, obtención de nuevo empleo, etc.], con el límite de 1.500.000 ptas. (9.015,18 euros) anuales de base de deducción, por cada declaración.

Requisitos:

• No se puede disponer de las cantidades depositadas para fines distintos de la primera compra o rehabilitación de la vivienda habitual. En caso de disposición, se entenderá que las cantidades dispuestas son las primeras depositadas. No es válido el hecho de que a final del ejercicio el saldo de la cuenta sea superior al del inicio, ya que las disposiciones realizadas durante el ejercicio suponen un incumplimiento de este requisito.
• La cuenta-vivienda puede ser cualquier tipo de cuenta separada (individualizada) de otras imposiciones, aunque no reciba el nombre de "cuenta-vivienda", si bien debe tenerse en cuenta que sólo se admite una cuenta por contribuyente. No se admiten las cuentas en las que las sumas depositadas se invierten en otros activos (cuentas-fondo o cuentas financieras), ya que no cumplen el requisito del destino de sus saldos, ni tampoco en fondos de inversión, aunque sí se admitirían depósitos renovables temporalmente.
• El plazo para adquirir o rehabilitar la vivienda habitual es de 4 años desde la apertura de la cuenta. Hasta 31 de diciembre de 1998, el plazo era de 5 años (que se mantiene para cuentas abiertas antes de 1 de enero de 1999).

La compra o rehabilitación debe cumplir las condiciones que determinan el derecho a deducción por ese concepto y que hemos descrito anteriormente.

Otra web interesante al respecto de las cuentas viviendas es la de consumer.es.